管理學院前身為我國最早成立的系統工程系和系統工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學家錢學森專程到�？疾煜到y工程本科專業學生培養工作，并在上海機械學院系統工程研究所成立大會上發表講話。同年學院辦學即開展了國際化辦學。12月，學校與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。
1981年，學院與麻省理工學院等美國、加拿大高校合作，開始舉辦全英文授課MBA項目；1983年美國《華爾街日報》發表專題報道，認為“此舉開創了中國MBA教育的先河”。
1992年5月系統工程系和系統工程研究所合并成立系統科學與系統工程學院，1999年5月更名為管理學院，2004年原上海醫療�？茖W校管理系劃歸管理學院，2005年1月22日，由中國科學院系統科學研究所和上海理工大學合作組建，并由錢學森同志親自題詞命名的“上海系統科學研究院”在學校掛牌。2006年1月與學校商學院合并重組成立新的管理學院。商學院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀30年代的滬江大學城中區商學院，1997年商學院與原上海機械高等�？茖W校的管理系合并重組成立新的商學院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。
學院下設10個系和一個中心：信息管理與信息系統系、工業工程系、會計系、工商管理系、公共管理系、財政稅務系、金融系、國際經濟與貿易系、系統科學系、交通系統工程系，專業學位教育中心。另設有上海系統科學研究院、中國機械工業會計審計研究中心、教育部國別和區域研究中心-中國周邊經濟研究中心、上海市工程管理學會、上海市人民政府發展研究中心——上海理工大學“基于互聯網+的上海創新發展”決策咨詢研究基地、上海高校人文社會科學重點研究基地——上海理工大學電子商務發展研究院、企業創新能力研究中心、超網絡研究中心、復雜系統科學研究中心、創業教育研究中心等研究機構。
學院已實現多類型、多層次辦學模式。學科涉及四個學科門類：管理學門類下的管理科學與工程、工商管理、公共管理3個學科；經濟學門類下的應用經濟學1個學科；理學門類下的系統科學1個學科；工學門類下的交通運輸工程學、系統工程學2個學科。
學院設有11個本科專業，一級學科博士學位授權點2個(管理科學與工程、系統科學)，一級學科碩士學位授權點4個（應用經濟學、公共管理、工商管理、交通運輸工程），專業學位類別碩士學位授權點10個（工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國際商務碩士、金融碩士、會計碩士、交通運輸工程、工業工程、項目管理、物流工程），博士后流動站2個(管理科學與工程，系統科學)。其中管理科學與工程是上海市高原學科、系統科學是上海市高峰學科（一流學科）；應用經濟學（經濟系統運行與控制）是上海市教委重點學科。在全國高校第四輪學科評估中“管理科學與工程”排名第19，“系統科學”排名第3。2016年，學院獲批“十三五”上海民政科研基地。
汪應洛院士任名譽院長、院務委員會主任。目前學院有教職工238人，專任教師202人，其中國務院學科評議組成員1人，教育部教指委委員1人，全國優秀教師1人，入選教育部“新世紀優秀人才支持計劃”1人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠育才獎1人，教育部高校骨干教師1人，機械部跨世紀人才學術帶頭人2人，寶鋼優秀教師4人，曙光學者6人，上海市教育系統首屆“科研新星”1人，浦江學者3人，上海市教學名師1人，上海市育才獎5人，入選上海市青年科技啟明星計劃2人，晨光學者1人。全院具有正高級職稱人員31人，副高級職稱87人，具有博士學位178人。
近三年，學院申請立項國家級項目20項，其中國家自然科學基金項目14項，國家社會科學規劃項目6項，各類科研項目到款數共計2823萬元；完成發明專利4項；完成軟件著作權18項；有50多份咨詢報告被政府采納；出版專著43部、編著41部、譯著2部。學院共發表論文1784篇，其中A類503篇，B類1082篇；檢索高級別論文SCIE 201篇，SSCI 40篇。
2018年5月，學院正式通過AACSB國際認證，標志著上海理工大學成為非教育部高校中首個通過AACSB國際認證的大學。
學院現有1個本科中美合作辦學項目，1個中瑞雙學位國際合作辦學項目。2018年，與美國威斯康辛大學、法國布雷斯特商學院、美國新澤西州立羅格斯肯頓商學院簽訂了合作協議，每年邀請大量外籍教師來院為合作辦學項目授課和講學，選派大量學生赴境外學習交流，接收了來自瑞典、德國、美國等國家的國際交流生百余人來院學習。
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