吉林農業大學馬克思主義學院的前身是1948年建校之初的馬列主義教研室。吉林農業大學建校之初就開始講授政治理論課程，1955年，成立馬列主義基礎教研組（校長直接領導），1964年，因文化大革命停課，1972年，政治理論教研室部分恢復上課，1978年恢復長春校址，成立馬列主義教研室和共產黨思想品德教研室（簡稱德育教研室），1985年，成立馬列主義教研部和德育教研部，1994年，成立人文科學系（馬列主義教研部和德育教研部合并為馬列主義教研部，隸屬人文科學系）。2000年，成立人文政法學院（馬列主義教研部隸屬人文政法學院），2006年，成立人文學院（馬列主義教研部隸屬人文學院）。2006年獲批馬克思主義基本原理和思想政治教育碩士學位點。2008年成立馬克思主義學院（同人文學院合屬辦公），2010年獲批馬克思主義理論一級學科碩士學位授權點。2011年，馬克思主義學院獨立建院。2016年，成功獲批兩個“吉林省社會科學重點領域研究基地”。2018年，成立“習近平新時代中國特色社會主義思想研究中心”，2018年獲批吉林省首批重點馬克思主義學院；2019年成立“廉政建設研究中心”