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吉林大學在東北亞研究方面具有較長的歷史。1964年，經國務院批準，吉林大學成立了日本問題研究室和朝鮮問題研究室。20世紀70年代以來，吉林大學先后成立了日本研究所、朝鮮研究所（后更名為：朝鮮韓國研究所）、蘇聯研究所（后更名為：俄羅斯研究所）、人口研究所、區域經濟研究所、圖們江地區開發研究所，對東北亞地區的日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古開展研究。
東北亞研究院致力于推動各種形式的國際交流與合作，目前已與美國、日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古等國家的大學和研究機構簽訂了交流協議，通過互派學者和留學生、開展共同研究、交換資料，共同組織召開國際學術會議等形式，促進東北亞問題的研究。
經過多年的發展，圍繞東北亞地區重大理論問題和現實問題，充分發揮對東北亞區域經濟、政治、歷史與社會發展領域多學科綜合研究的優勢，服務于國家重大戰略需求和社會經濟發展需求，東北亞研究院逐步成長為以國際問題研究為主、多學科交叉、在國內外有較大影響力的專職研究機構。
東北亞研究院現有教職工83人，專職科研人員61人，其中教授32人(含博士生導師27人)，副教授21人，講師8人；有“哲學社會科學資深教授”1 人，國務院學位委員會學科評議組成員1人，教育部社會科學委員會委員1人，教育部跨世紀人才1人，吉林省省管專家4人，吉林省拔尖創新人才3人，吉林省有突出貢獻的中青年專業技術人才2人，吉林大學“匡亞明特聘教授”2人，吉林大學“匡亞明講痤教授”3人。目前已經形成了結構合理、實力雄厚的研究梯隊和教師隊伍。
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